События "Города стекла" происходят через несколько дней после неловкого расставания Клэри и Саймона. С разрешения Конклава и Аликанте, Магнус Бейн создает портал, чтобы отправить Лайтвудов, Джейса, Клэри и Меделин в Аликанте. Понимая, что не сможет удержать Клэри в безопасности, Джейс заставляет Саймона придти в Институт и просит солгать Лайтвудам о том, что сама Фрэй не хочет отправляться с ними. Саймон отказывается, но в разгар их спора происходит нападение Отреченных, в результате чего Меделин убивают, а Саймона серьезно ранят, что не оставляет Джейсу выбора, кроме как взять его с собой.

Приехав в Институт Клэри понимает, что никого нет, но позже Магнус объясняет ей, что случилось. Используя свои силы, Клэри создает портал и хочет отправляться за остальными, но Люк пытается ее остановить, и в результате они оба оказываются в Идрисе. Так как в город не могут попасть без разрешения, Клэри и Люк оказываются в окрестных полях, среди гор, преграждающих их путь в Аликанте. Клэри и Люк падают в странное озеро, которое, по словам Люка, называется Лин. Именно из этого озера появился Разиэль с Кубком и Мечом Смерти, предложив Орудия Смерти Джонатану Сумеречному Охотнику (первому из Сумеречных охотников). С тех пор озеро Лин проклято для всех Сумеречных охотников, и если вода попадет в организм, то вызовет сильные галлюцинации, а позже и лихорадку.

Направляясь к Аликанте, они проходят через кладбище Сумеречных охотников, где Клэри видит и свое собственное надгробие. Люк понимает, что действие озерной воды началось, но вскоре они оказываются в городе, и оборотень несет Клэри в дом Сумеречного охотника по имени Аматис, своей сестры. Аматис выхаживает Клэри, и девушка остается в городе с ней, а в это время Лайтвудов, Саймона и Джейса представляют Элин Пенхаллоу и ее кузену, Себастьяну Верлаку. Также некоторые члены Конклава пытаются надавить на Саймона, чтобы он солгал, сказав, что вся семья Лайтвудов - шпионы Валентина, однако парень отказывается, что приводит к его заточению.

Клэри тайно покидает дом сестры Люка, чтобы найти остальных, однако вместо этого она видит, как Джейс целует Элин. Заметив ее, Джейс отводит Клэри в сторону и требует, чтобы она вернулась домой. В результате чего Клэри уходит абсолютно разбитая и соглашается на провожатого в роли Себастиана.

Позже Себастиан приходит к Клэри с намерением помочь ее матери, почему на следующий день они вдвоем отправляются к дому Рагнора Фелла, где Клэри шокирована известием об убийстве Фелла и появлением Магнуса, который, заморозив Себастиана, говорит Клэри, что она должна достать книгу заклинаний в загородном доме Вэйландов, если хочет спасти свою мать. Поэтому Клэри и пришедший в себя Себастиан отправляются к руинам поместья Фэйрчайлдов, где они целуются, но Клэри отстраняется, понимая, что это неправильно, ведь на протяжении всего поцелуя она думает о Джейсе, а Себастиан сообщает Клэри, что Саймон в тюрьме.

Клэри возвращается в дом Аматис, где ее ждет Джейс. Он извиняется пред ней за свои слова, однако пара снова ссорится из-за того, что Джейс не сообщил девушке, что Саймон в тюрьме. После того как они успокаиваются, они отправляются через портал Клэри к поместью Вэйландов, чтобы достать книгу заклинаний, однако вместо этого находят полуживого ангела - очередного эксперимента Валентина. От этого ангела они узнают, что в жилах Джейса течет кровь демона. После того, как ангел показывает им свои видения, Джейс передает свой кинжал ангелу, который убивает себя этим самым кинжалом. Клэри и Джейс едва успевают покинуть дом до того, как он взрывается, и, лежа на земле, разделяют момент, наполненный страстью. Однако Клэри останавливает их обоих прежде, чем все зайдет слишком далеко, обвиняя его в том, что он использует ее. Позже они возвращаются в Аликанте, в котором вспыхнул пожар. Тем временем Изабелль спасает Элину от демона, и Элин убегает, в результате чего Алек отправляется на ее поиски, но находит только Магнуса, с которым они выясняют отношения, а Клэри отдает книгу заклинаний Бейну, чтобы он смог разбудить ее мать.

Джейс, Клэри и Алек отправляются освобождать Саймона из тюрьмы, в которой его содержат, при этом освобождают еще и Сэмюэля, соседа Саймона по камере, однако вскоре понимают, что это Ходж, который сообщает, что последнее Орудие Смерти, Зеркало Смерти, - это озеро Лин. После чего Ходжа убивает Себастиан, уверяя, что сделал это для их же защиты. Четверка понимает, что Себастиан - шпион Валентина, который сбежал после тяжелого боя.

Подростки возвращаются в Холл, и обнаруживают, что Себастиан убил Макса, после похорон которого Джейс признается Клэри в любви, а на следующее утро Джейс, оставив записку, отправляется на поиски Себастиана.

Клэри удается убедить Конклав выступить против Нижнего Мира и обучает их руне, которую ей показал умирающий ангел. Алек и Магнус, наконец, целуются после того, как Джослин выходит из комы, благодаря Бейну. Джослин рассказывает Клэри, что она получила кровь ангела, пока была в утробе, а Джейс на самом деле сын Стивена Херондейла - сына последнего Инквизитора, который также, будучи еще в утробе, получил кровь ангела в процессе эксперимента. Клэри понимает, что они с Джейсом не родственники, и что в нем нет крови демона, однако кровь ангела показывает, что Себастиан - ее настоящий брат.

Клэри помечает Саймона Печатью Каина, могущественным защитным заклинанием, чтобы защитить его от Рафаэля, который сказал, что вампиры будут сражаться вместе с Сумеречными охотниками против Валентина только, если получат Саймона. Обмен приводит к тому, что вампиры сражаются с Конклавом. Тем временем, Джейс находит Себастиана разговаривающего с Валентином, который намеревается использовать озеро Лин для призыва Разиэля и уничтожения, тем самым, всех Сумеречных охотников, которые не пили из Чаши Смерти. После ухода Валентина, Джейс сражается с Себастианом, который рассказывает тому правду о его семье.

Клэри отправляется к озеру Лин, чтобы не дать Валентину призвать Разиэля, но он использует заклинание, чтобы парализовать ее тело и голос, после чего сообщает, что хочет принести ее в жертву. Когда приходит Джейс, чтобы спасти ее, Валентин использует его кровь для жертвоприношения, вонзив ему кинжал в грудь, и успешно призывает Разиэля. Однако ангел видит Валентина насквозь и убивает его, после чего предлагает Клэри одно желание - она просит оживить Джейса.

Благословенная Королева просит Клэри об услуге, но та отказывается, утверждая, что у нее уже есть все, чего она хочет.