История Скотта начинается обычным вечером, когда Стайлз приходит к нему и рассказывает, что в лесу найдено тело неизвестной девушки, и труп так изуродован, что от него осталось лишь половина. Выслушав друга, МакКол соглашается на его предложение лично осмотреть место преступления, и они оправляются в лес. Конечно, эта затея была не из лучших. Парней быстро замечают копы, приехавшие туда, чтобы забрать тело, а отец Стайлза - он же шериф города, отчитывает сына за безответственное поведение. Пытаясь выгородить друга, Стайлз лжет, говоря, что пришел один. Пока он отвлекает полицию, Скотт прячется в темноте, ища выход из непростой ситуации. Парень забредает глубже в чащу и неожиданно сталкивается с таинственным зверем, который кусает его. Пребывая в состоянии шока, Скотт пытается найти свой ингалятор от астмы, но вместе него обнаруживает труп той самой девушки. Позже выясняется, что эта Лора Хейл, у которой много лет назад почти вся семья погибла в результате пожара. У нее остались лишь брат Дерек и дядя Питер, который впал в кому.

После нападения зверя Скотт начинает чувствовать себя странно и замечает в себе некоторые изменения. Его физическая сила увеличивается, резко улучшаются зрение и слух. Благодаря своему обостренному зрению, Скотт замечает Эллисон Арджент - новую ученицу их школы, которая сразу же занимает все мысли парня. Стайлз подшучивает над Скоттом, говоря, что он стал оборотнем, и очень скоро друзья понимают, что это правда. Теперь у МакКола начинается новая жизнь. Ему не только приходится скрывать ото всех страшный секрет, но еще и мириться с новыми способностями и бояться самого себя. Однако есть и плюсы в новом существовании Скотта. Благодаря его новым способностям, тренер Бобби Флинсток берет парня в команду по лакроссу, делая его со-капитаном. Это не очень нравится Джексону Уиттмору, главному красавцу школы и нынешнему капитану команды, который начинает всерьез подозревать Скотта в приеме анаболиков. Но все эти неприятности с лихвой окупает тот факт, что на одной из тренировок Скотта замечает Эллисон. Молодые люди сближаются и начинают встречаться, несмотря на явное неодобрение со стороны родителей девушки.

Одновременно с этим в город приезжает Дерек Хейл, чтобы выяснить, кто убил его сестру и отомстить ее убийце. Дерек часто оказывается поблизости от Скотта, чем пугает его и вызывает подозрения. В итоге Скотт и Стайлз идут к дому Дерека, желая найти ответы на свои вопросы, и обнаруживают тело Лоры, закопанное у сгоревшего дома Хейлов. Парни вызывают полицию и обвиняют Дерека в убийстве сестры. Но к их неудачи, Хейла быстро отпускают, а друзья наживают себе крупные неприятности в лице злого Дерека Хейла, который ко всему прочему оказывается еще и оборотень.

Узнав об этом, Скотт решает, что именно Дерек обратил его, но Хейл отрицает свою причастность, объясняя, что обратить может только Альфа, а это значит, что в городе есть другой вервольф - более сильный и опасный, который обратил Скотта и убил Лору. Теперь у Скотта и Дерека есть общая цель - найти Альфу и уничтожить его. Ведь по словам Дерека, единственная возможность для Скотта излечиться от ликантропии - убить того, кто его обратил.

В это же время в город возвращается Кейт Арджент, тетя Элиссон и сестра Криса Арджента. С ее приездом у Скотта начинаются крупные неприятности. Он узнает, что семья Эллисон - это потомственные охотники на оборотней, что Кейт здесь за тем, чтобы убить его, Дерека и Альфу, и что это именно она подожгла дом Хейлов, уничтожив семью Дерека.

Подгоняемые охотниками Дерек, Скотт и Стайлз решают устроить ловушку для Альфы, но в итоге сами оказываются в опасности. На парковке школы Альфа нападает на Дерека и обезвреживает его. Скотт со Стайлзом пытаются спрятаться в стенах учебного заведения, и к своему ужасу обнаруживают там Эллисон, Джексона и Лидию - девушку Джексона. Альфа гонится за учениками по пятам, вынуждая их запереться в классе. Скотт отправляется в спортзал, чтобы забрать у охранника ключ и выбраться из школы, но Альфа нападает на него и ему приходится обратиться, чтобы спасти свою жизнь. После драки, понимая, что не может возвратиться в облике оборотня к друзьям, Скотт остается ждать их на улице и тем самым принимает на себя клеймо труса, а Эллисон расстается с ним.

Парень тяжело переживает расставание с любимой девушкой, не знает как вести себя с Альфой без подсказок Дерека, который, как он считает, мертв, и почти слетает с катушек, когда неожиданно в дом Стайлза заявляется живой и здоровый Хейл. Оказывается, что оборотень все это время скрывался от полиции, которая обвинила его в том, что случилось в школе. Стайлз и Дерек объединяются, чтобы выяснить личность Альфы и это приводит их к шокирующему открытию - Питер Хейл и есть новый Альфа. Он рассказывает Дереку о том, что убил Лору случайно, что не хотел ее смерти, а остальным просто мстил, ведь именно они помогли Кейт поджечь дом Хейлов.

Дерек решает объединиться со своим дядей, но вскоре Кейт находит его, и он оказывается подвешенным в подвале, куда Арджент приводит свою племянницу и рассказывает ей о предназначении семьи. Скотт помогает Дереку освободиться, и они вместе с охотниками нападают на Альфу. Также им помогают Джексон и Стайлз, кидая в Питера «гремучую смесь». Хейл получает множество ранений, и Дерек наносит ему окончательный удар, тем самым став Альфой.

Казалось бы, все закончилось неплохо - виновные наказаны и несмотря на протесты родителей Эллисон, они со Скоттом снова вместе, вот только теперь Дерек хочет создать свою собственную стаю. Он пытается приманить Скотта к себе, но парень отказывается. А в это время в город приезжает Джерард Арджент, дедушка Эллисон, дабы отомстить за смерть Кейт.

Постепенно Дерек Хейл собирает свою стаю. Он обращает Айзека Лейхи, Эрику Рейес и Бойда. Всё это очень не нравится МакКолу - новые оборотни агрессивны и им нравится демонстрировать свою сущность. Скотт начинается боятся, что все узнают его секрет, он беспокоится за жизни близких людей, а в дополнение ко всем бедам в городе появляется новое существо - Каниме.

Каниме убивает безжалостно, даже сверхсильные оборотни не могут ему противостоять. Он парализует свою жертву ядом и единственное, чего боится чудовище - воды. Теперь у Скотта и Стайлза новая задача - узнать личность Каниме до того, как его найдет Дерек и убьет. Ведь по мнению Скотта, Каниме - это такой же подросток как и он, которому когда-то также не повезло.

При помощи доктора Дитона оборотни и Стайлз пытаются выловить Каниме, но им мешают подоспевшие охотники. Пока остальные уворачиваются от стрел и пуль Арджентов, Скотта на машине сбивает Виктория, мать Эллисон. Узнав о том, что дочь втайне встречалась с оборотнем, Виктория решает убить парня парами аконита. И только вовремя подоспевший Хейл спасает Скотта, но кусает при этом Викторию. Женщина, боясь обратиться, убивает себя, оставляя свою дочь наполовину сиротой.

Эллисон тяжело переживает утрату матери, отдаляется от Скотта и все больше увлекается историей своей семьи. Джерард Арджент поощряет внучку, распаляя ее ненависть к оборотням, и вскоре Эллисон, ловко управляясь с арбалетом, отправляется охотится на стаю Дерека. Скотт понимает, что его отношениям с Эллисон пришел конец.

В это же время Лидия, ведомая образами и голосом Питера Хейла, обезвреживает Дерека с помощью пыльцы аконита и привозит его к дому Хейлов. Там она оживляет Питера с помощью крови племянника, и теперь у родственников новая проблема - они оба Альфы.

Скотт и Стайлз тем временем полностью заняты вычислением личности Каниме. На праздники Лидии им удается добыть неоспоримые доказательства, что им является Джексон Уитмор, которым управляет ученик их школы и фотограф Метт. У Метта свой повод для мести одноклассникам: несколько лет назад он чуть не утонул в бассейне, пока все вокруг смеялись над его попытками выплыть. Получив оружие в виде Джексона, Метт убивает всех своих обидчиков один за другим.

Скотт и Стайлз отправляются с этой информацией в участок к шерифу Стилински, где по стечению обстоятельств оказывается и мама Скотта - Мелиса. Друзья не успевают все толком объяснить им, потому что там появляется Мэтт с Каниме. Сражаясь против Каниме, Скотт вынужден обратиться и Мелисса видит это. Несколько дней она не разговаривает с сыном, но все же приходит на его игру, тем самым говоря, что она на его стороне.

Однако игра оборачивается трагедией. Джаред Арджент, который теперь управляет Каниме, после смерти Метта, пытается вынудить Скотта и остальных на открытое противостояние, но Джексон Уитмор жертвует собой. Но смерть его не случайна и не окончательна. Каниме обретает большую силу и ведомый Джерадом отправляется на поиски Дерека. Эллисон тоже отправляется искать Хейла, чтобы осуществить свою месть.

Решающее сражение с Каниме происходит в последних минутах последнего эпизода второго сезона. Скотт, Айзек, Дерек и Ардженты сражаются с Канимой и проигрывают, но вовремя появившиеся Стайлз и Лидия спасают ситуацию. Увидев свою девушку, Джексон вновь превращается в человека. Он позволяет убить себя и становится полноценным оборотнем.

Победа над Каниме приносит больше потерь Скотту, чем он ожидал. Несмотря на взаимные чувства, Эллисон расстается с ним, мама все еще мирится с тем фактом, что ее сын оборотень, а в городе теперь два Альфы. И только Стайлз - верный друг, остается с ним до конца.